在乳杆菌缺失，阴道微生态失衡状况下，致病微生物有机会大量繁殖，从而导致多种妇科疾病的发生。
在阴道感染方面，乳杆菌除了用于细菌性阴道病（BV）和念珠菌性阴道病（VVC）的治疗外，在治疗复发性念珠菌性阴道病（RVVC）、需氧菌性阴道炎（AV）、阴道混合感染等方面，表现出巨大潜力。
在尿路感染方面，随着近年复发性尿路感染研究的深入，越来越多的证据表明，阴道微生态失调和反复发作的尿路感染之间存在着密切关系，改善阴道菌群状况，可以有效治疗女性复发性尿路感染。
在病毒感染方面，阴道乳杆菌的存在，可以增加机体抵抗病毒感染的能力。可能的机理是阴道菌群失调导致炎症的发生，促进了病毒的复制和整合，而阴道乳杆菌存在可以恢复阴道微生态平衡，提高机体清除病毒（如HIV、HPV、HSV-2等）的能力。另外，通过基因工程手段，已经可以将特定外源基因整合到阴道乳杆菌染色体上，使其不断分泌表达特定的蛋白（如IFN），这样不但激活机体免疫，还能发挥乳杆菌维持阴道微生态平衡的作用，双管齐下，达到控制和消灭病毒的目的。
在不良妊娠方面，阴道乳杆菌缺失、阴道微生态失衡可影响多种妊娠维持通路，进而导致流产、早产等不良妊娠结局。人类微生物组计划第二阶段（IHMP）研究结果显示，卷曲乳杆菌与一些和早产相关的因素存在很强的负相关，阴道菌群以卷曲乳杆菌为优势的孕妇，其早产的概率可以大大减少，提示卷曲乳杆菌在不良妊娠的预防和治疗方面具有较大潜力。